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離子液體模擬力場如何選擇(opls-aa)?

2020-07-08 05:56:12 adman 161

問:

因為opls_aa力場中有專門的離子液體的力場而選。用的lammps軟件。在模擬中,問題好多,跑著跑著,原子就會missing。初始位置,分子間隔的挺遠,大約10埃,我dump force后發現,力都好大,不清楚啥個原因。
   打算換個力場試試,不知哪個力場好點。


答1:

是用Pauda他們組的力場嗎?二面角只有三個參數v1,v2,v3。我現在是剛開始研究這個,這個問題已經困了我好幾天了,一直沒找出啥問題來。希望你花一點點時間看看我的輸入文件吧。
LAMMPS input file

units           real
boundary        p p p

atom_style      full       #uncharged molecules, with bond, angle, dihedral, improper dihedral
bond_style      harmonic
angle_style     harmonic
dihedral_style  opls
pair_style      lj/cut/coul/long  12
pair_modify     mix geometric tail yes
kspace_style    ewald 1.0e-4

#read_restart    restart.mix.*
read_data        data.il
#read_restart restart.mix.*

#fix 1 all shake 0.0001 20 10 b 3
neighbor        2.0 bin
neigh_modify  delay 3  every 1 check yes  #delay 3

fix 2 all langevin 300.0 300.0 0.2 48279
fix 3 all nve  (文獻上說可以先布朗運動下,所以我也設置了了一下)

timestep        0.1
dump           1 all  custom 20000 dump.atom.*.lammpstrj xu yu zu
dump           2 all custom 20000 dump.force.* id mol type element fx fy fz
dump_modify     1 flush yes
dump_modify     2 flush yes

thermo_style    custom step temp press  etotal vol lx ly lz
thermo          1000
thermo_modify   flush yes


run  1000000
我是做的(mmpy)(tsfi)這個分子,就兩對分子。我真的不知道哪里有問題。。。


答2:

我在nve系綜下跑的minimize。我的參數是
minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
min_style hftn
min_modify dmax 0.2

我的結果是:(我從log里面拷出來的)

minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (min.cpp:167)
Ewald initialization ...
  G vector = 0.227629
  vectors: actual 1d max = 2748 10 4630
Memory usage per processor = 24.4557 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
       0            0    161.97025    59.620071    221.59032   -139.69835
      52            0    139.99619    32.197295    172.19348   -13.155359
Loop time of 0.369925 on 48 procs for 52 steps with 72 atoms

Minimization stats:
  Stopping criterion = energy tolerance
  Energy initial, next-to-last, final =
         221.590316114      172.205685403      172.193484683
  Force two-norm initial, final = 334.999 8.36533
  Force max component initial, final = 89.5407 2.13135
  Final line search alpha, max atom move = 0.000551252 0.00117491
  Iterations, force evaluations = 52 255

Pair  time (%) = 0.000742118 (0.200613)
Bond  time (%) = 0.000933076 (0.252234)
Kspce time (%) = 0.182548 (49.3473)
Neigh time (%) = 0 (0)
Comm  time (%) = 0.176163 (47.6214)
Outpt time (%) = 0 (0)
Other time (%) = 0.00953816 (2.57841)

Nlocal:    1.5 ave 21 max 0 min
Histogram: 44 0 0 0 0 0 1 1 0 2
Nghost:    38.5625 ave 72 max 0 min
Histogram: 12 0 0 3 6 3 7 2 1 14
Neighs:    27.2708 ave 471 max 0 min
Histogram: 44 0 0 0 2 0 0 0 1 1

Total # of neighbors = 1309
Ave neighs/atom = 18.1806
Ave special neighs/atom = 10.2222
Neighbor list builds = 0
Dangerous builds = 0
min_style hftn
min_modify dmax 0.2


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標簽:   離子液體 力場模擬